Comparaison de deux modes de représentation de données faiblement structurées en sciences du vivant

Cet article presente deux modes de representation de l'information dans le cadre d'une problematique en sciences du vivant. Le premier, applique a la microbiologie previsionnelle, s'appuie sur deux formalismes, le modele relationnel et les graphes conceptuels, interroges uniformement via une meme interface. Le second, applique aux technologies des cereales, utilise le seul modele relationnel. Cet article decrit les caracteristiques des donnees et compare les solutions de representation adoptees dans les deux systemes.

[1]  Serge Abiteboul,et al.  Querying Semi-Structured Data , 1997, Encyclopedia of Database Systems.

[2]  M. Jarke,et al.  Fundamentals of Data Warehouses , 2003, Springer Berlin Heidelberg.

[3]  Mark Newman,et al.  Implementation of the Prometheus Taxonomic Model: a comparison of database models and query languages and an introduction to the Prometheus Object-Oriented Model , 2002 .

[4]  David Botstein,et al.  SGD: Saccharomyces Genome Database , 1998, Nucleic Acids Res..

[5]  Rallou Thomopoulos.  Représentation et interrogation élargie de données imprécises et faiblement structurées , 2003 .

[6]  C. Maria Keet.  Conceptual Modelling and Ontologies for Biology : experiences with the bacteriocin database , 2004 .

[7]  Jennifer Widom,et al.  The TSIMMIS Project: Integration of Heterogeneous Information Sources , 1994, IPSJ.

[8]  Wolfgang Keller.  Mapping Objects to Tables A Pattern Language , 1997 .

[9]  Ollivier Haemmerlé,et al.  Fuzzy querying of incomplete, imprecise, and heterogeneously structured data in the relational model using ontologies and rules , 2005, IEEE Transactions on Fuzzy Systems.

[10]  Scott W. Ambler.  Building object applications that work , 1997 .

[11]  Ollivier Haemmerlé,et al.  Towards a Unified Querying System of Both Structured and Semi-structured Imprecise Data Using Fuzzy View , 2000, ICCS.

[12]  John F. Sowa,et al.  Conceptual Structures: Information Processing in Mind and Machine , 1983 .

[13]  Jennifer Widom,et al.  The Lorel query language for semistructured data , 1997, International Journal on Digital Libraries.

[14]  Anne Laurent,et al.  Coopération entre un système d'extraction de connaissances floues et un système de gestion de bases de données multidimensionnelles , 2000 .

[15]  Yury V. Bukhman,et al.  BioMolQuest: integrated database-based retrieval of protein structural and functional information , 2001, Bioinform..

[16]  Sakti Pramanik,et al.  HICLAS: a taxonomic database system for displaying and comparing biological classification and phylogenetic trees , 1999, Bioinform..

[17]  Gio Wiederhold,et al.  Mediators in the architecture of future information systems , 1992, Computer.