A molecular epidemiological investigation of isolates of the variant avian paramyxovirus type 1 virus (PPMV-1) responsible for the 1978 to present panzootic in pigeons

A sequence of 375 nucleotides, which included the region encoding the cleavage activation site and signal peptide of the fusion protein gene, was determined for 178 isolates of the pigeon variant strain of Newcastle disease virus (PPMV-1). These were compared with the sequences of 47 similar isolates published by GenBank, which included 30 isolates from pigeons and 17 representatives from each sublineage of avian paramyxovirus type 1. The resulting alignment was analysed phylogenetically using maximum likelihood and the results are presented as unrooted phylogenetic trees. By phylogenetic analysis all the PPMV-1 isolates except one were placed in lineage 4b (VIb). Within this lineage there was considerable genetic heterogeneity, which appears to be predominantly influenced by the date of isolation and, to a lesser extent, geographical origins of the isolates. There were two large distinguishable groups, 4bi and 4bii. The earliest isolate available, PIQPI78442, isolated in 1978 in Iraq, was situated at the node from which the two groups diverge. Résumé Investigations épidémiologiques et moléculaires des souches virales variantes d'APMV-1 (PPMV-1) responsables de la panzootie de 1978 à 2002 chez le pigeon Une séquence de 375 nucléotides, qui inclut la région codant le site d'activation du clivage et le peptide signal du gène de la protéine de fusion, a été déterminée pour 178 souches variantes du virus de la maladie de Newcastle isolées chez le pigeon (PPMV-1). Ces souches ont été comparées avec les séquences de 47 souches similaires publiées dans GenBank, qui incluaient 30 souches isolées de pigeons et 17 représentants de chacun des sous lignages des paramyxovirus aviaires de type 1 (APMV-1). Le résultat des alignements a été analysé phylogénétiquement utilisant la probabilité maximale et les résultats sont présentés comme des arbres phylogénétiques sans racine. L'analyse phylogénétique a permis de placer dans le lignage 4b (VIb) toutes les souches de PPMV-1 à l'exception d'une seule. A l'intérieur de ce lignage il y a une hétérogénéité génétique considérable qui apparaît être influencée de façon prédominante par la date d'isolement et, à un moindre degré par les origines géographiques de ces souches. Il y a deux grands groupes distincts, 4bi et 4bii. La première souche disponible, PIQPI78442, isolée en Irak en 1978, est située au nœud où les deux groupes divergent. Zusammenfassung Eine molekular-epidemiologische Untersuchung von Isolaten der PPMV-1-Variante des APMV-1, die für die 1978-2002-Panzootie in Tauben verantwortlich waren Eine Sequenz von 375 Nukleotiden, die die Region umfasste, die für die Cleavage-Aktivierungsstelle und das Signalpeptid des Fusionsproteingens kodiert, wurde bei 178 Isolaten der Taubenvariante des Virus der Newcastle-Krankheit (PPMV-1) bestimmt. Diese wurden mit den Sequenzen von 47 ähnlichen, von der GenBank publizierten Isolaten, 30 Isolaten aus Tauben und 17 Vertretern von jeder der Sublinien des aviären Paramyxovirus-Typ 1 (APMV-1), verglichen. Die resultierenden Gruppierungen wurden phylogenetisch anhand maximaler Ähnlichkeiten analysiert und die Ergebnisse wurden als wurzellose phylogentische Bäume dargestellt. Durch die phylogenetische Analyse wurden alle PPMV-1-Isolate bis auf eines der Linie 4b (VIb) zugeordnet. Innerhalb dieser Linie gab es eine beachtliche genetische Heterogenität, die hauptsächlich vom Isolierungsdatum und in geringerem Maße von der geographischen Herkunft der Isolate beeinflußt zu werden schien. Es ließen sich zwei große Gruppen, 4bi und 4bii, unterscheiden. Das früheste verfügbare Isolat, PIQPI78442, das 1978 im Irak isoliert worden war, liegt an dem Knotenpunkt, von welchem aus die beiden Gruppen auseinander gehen. Resumen Epidemiología molecular de los aislados del virus variante APMV-1 (PPMV-1) responsable de la panzootia de 1978 –2002 en palomas Se determinó una secuencia de 375 nucleótidos, que incluía la región que codifica para el punto de activación de la escisión y el péptido señal del gen de la proteína de fusión, de 178 aislados de la cepa variante de paloma del virus de la enfermedad de Newcastle (PPMV-1). Estas secuencias fueron comparadas con secuencias de 47 asilados similares publicadas en el GenBank, que incluían 30 aislados de paloma y 17 representativos de cada uno de los sublinajes del paramixovirus aviar tipo 1 (APMV-1). El alineamiento resultante fue analizado mediante maximum likelihood y los resultados fueron presentados como árboles filogenéticos sin raíz. Mediante el análisis filogenético todos los aislados de PPMV-1 excepto uno se clasificaron dentro del linaje 4b (VIb). En este linaje hay una considerable heterogeneidad genética, que parece estar influenciada mayoritariamente por el año de aislamiento y , en menor medida, por el origen geográfico de los aislados. Se encontraron dos grandes grupos, 4bi y 4bii. El aislado disponible más antiguo, PIQPI78442, aislado en 1978 en Iraq, se situó en el nudo a partir del cual los dos grupos divergían.