Históricamente en el oriente del estado de Morelos se han producido y consumido los maíces nativos pigmentados (MNP), por lo que se planteó evaluar el efecto del ciclo de cultivo en las características fisicoquímicas y la calidad de la proteína de 26 poblaciones de MNP de los municipios de Temoac y Ayala de la región oriente de Morelos. Los MNP se colectaron en los ciclos primavera-verano 2014 y 2015, se calificó: peso hectolítrico (PH), peso de cien granos (PCG), índice de flotación (IF), pedicelo (PED), pericarpio (PER), germen (GER), endospermo harinoso (EHA) y corneo (ECO), así como aceite (ACE), proteína (PRO), triptófano (TRI), índice de calidad de proteína (IQP) y antocianinas (ANT). Los resultados se analizaron con un diseño combinado completamente al azar. En el oriente de Morelos predominaron las razas Elotes Occidentales ‘EO’ y Pepitilla ‘Pep’ de grano azul. En las variables se encontraron diferencias significativas (p< 0.01) en el ciclo de cultivo, la población y la interacción. En el ciclo 2014 los maíces fueron de mayor: PCG, ECO, ACE, TRI e IQP y menor: IF, PRO y ANT. En general los MNP fueron de baja densidad (PH= 63.7 kg hL-1; IF= 84), grano grande (PCG= 44.8 g), con alto: GER (PCG= 44.8 g), ACE (= 5.14%), TRI (= 0.076%), IQP (= 0.81) y ANT (= 276.6 mg ECG kg-1 MS). Destacaron las poblaciones ‘EO22’ y ‘Pep20’ por su elevado IQP, alto TRI y ANT, el resto de las poblaciones no mostro relación entre características químicas y nutricionales. Se identificaron 16 poblaciones con buena calidad de proteína (IQP > 0.8) y elevado contenido de TRI (>0.075%), que pueden ser usada para mejorar la nutrición y salud de los consumidores.