Supplementary Materials for

1 Supplementary Text 1 1.1 Inherent uncertainty in point-estimation methods . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.2 Consistency with Monocle . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.3 Data Analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 1 1.4 Differential expression analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 3