Multigrid methods for structured grids and their application in particle simulation

Mehrgitterverfahren sind optimale, d.h. linear skalierende, Verfahren zur Losung einer grosen Zahl von Problemen, z.B. von elliptischen partiellen Differentialgleichungen. Viele dieser Anwendungen, z.B. partielle Differentialgleichungen die auf strukturierten Gittern diskretisiert sind, besitzen viel Struktur, die eine effiziente Implementierung des Mehrgitterverfahrens auf seriellen und parallelen Computern erlaubt. Neben der Standard-Theorie fur geometrische Mehrgitterverfahren wurde eine variationelle Theorie von einer Vielzahl von Autoren entwickelt, wobei die variationelle Theorie auf der Verwendung des Galerkin-Grobgitteroperators basiert. In dieser Arbeit werden Mehrgitterverfahren zur Losung linearer Gleichungssysteme mit strukturierten Koeffizientenmatrizen analysiert. Ein modifiziertes Schema zur Losung der Poissongleichung in unbeschrankten Gebieten wird vorgestellt und sein Fehlerverhalten im Detail analysiert. Diese Methode nutzt eine endliche Anzahl von hierarchischen Vergroberungen und Vergroserungen des Diskretisierungsgitters und Einsetzen von speziellen Randbedingungen auf dem grobsten Level. Ein FAS-artiges Mehrgitterverfahren eignet sich gut zur Losung dieses Problems. Partielle Differentialgleichungen mit konstanten Koeffizienten und periodischen Randbedingungen die auf equidistanten Gittern diskretisiert sind fuhren auf zirkulante Koeffizientenmatrizen. Daher kann in diesem Fall die vorhandene Theorie fur zirkulante Matrizen angewandt werden. Diese Theorie basiert auf der klassischen Theorie fur algebraische Mehrgitterverfahren, die in diesem Zusammenhang um die Verwendung von nicht-Galerkin-Grobgitteroperatoren erweitert wird. Ein Parallelisierungsansatz fur zirkulante Matrizen basierend auf Gebietszerlegung wird vorgestellt. Die entwickelten Verfahren werden in Partikelsimulationsmethoden, wie sie in vielen Feldern der Physik gebraucht werden, angewandt. Das Problem wird vorgestellt und konsistent in einer Art formuliert, die es erlaubt das Problem durch Losen der Poissongleichung in unbeschrankten oder periodischen Gebieten und eine Nahfeldkorrektur zu behandeln. Motiviert durch Methoden wie P3M basiert diese Umformulierung auf dem Ersatz von Punktladungen durch Distributionen mit beschrankten Trager. Durch die Umformulierung werden keine weiteren Fehler eingefuhrt. Daher ist der Fehler des Gesamtverfahrens nur durch den Diskretisierungsfehler und durch den Interpolationsfehler der verwendeten numerischen Schemata verursacht. Es werden numerische Beispiele fur das FAS-artige Mehrgitterverfahren fur das hierarchisch vergroberten Gitter, fur das Mehrgitterverfahren fur zirkulante Matrizen mit Ersatz des Galerkin-Grobgitteroperators, fur sein paralleles Skalierungsverhalten auf Blue Gene/L und Blue Gene/P und fur die Partikelsimulationsmethode, die das Mehrgitterverfahren nutzt, vorgestellt.

[1]  J. W. Eastwood Optimal particle-mesh algorithms , 1975 .

[2]  G. M.,et al.  Partial Differential Equations I , 2023, Applied Mathematical Sciences.

[3]  K. Gustafson Introduction to Partial Differential Equations and Hilbert Space Methods , 1980 .

[4]  Piet Hut,et al.  A hierarchical O(N log N) force-calculation algorithm , 1986, Nature.

[5]  S. Ashby,et al.  A parallel multigrid preconditioned conjugate gradient algorithm for groundwater flow simulations , 1996 .

[6]  Matthias Bolten HIERARCHICAL GRID COARSENING FOR THE SOLUTION OF THE POISSON EQUATION IN FREE SPACE , 2008 .

[7]  Xiao-Qing Jin,et al.  Convergence of the Multigrid Method of Ill-conditioned Block Toeplitz Systems , 2001 .

[8]  Cornelis W. Oosterlee,et al.  Error analysis for a potential problem on locally refined grids , 2000, Numerische Mathematik.

[9]  Giuseppe Fiorentino,et al.  Multigrid methods for indefinite Toeplitz matrices , 1996 .

[10]  T. Darden,et al.  Particle mesh Ewald: An N⋅log(N) method for Ewald sums in large systems , 1993 .

[11]  Raymond H. Chan,et al.  Multigrid Method for Ill-Conditioned Symmetric Toeplitz Systems , 1998, SIAM J. Sci. Comput..

[12]  Raymond H. Chan,et al.  A note on the convergence of the two-grid method for Toeplitz systems☆ , 1997 .

[13]  Christian Holm,et al.  How to mesh up Ewald sums. I. A theoretical and numerical comparison of various particle mesh routines , 1998 .

[14]  R. Hockney The potential calculation and some applications , 1970 .

[15]  Fredrik Hedman,et al.  Algorithms for Molecular Dynamics Simulations , 2006 .

[16]  Godehard Sutmann,et al.  Long-Range Interactions in Many-Particle Simulation , 2002 .

[17]  T. Darden,et al.  A smooth particle mesh Ewald method , 1995 .

[18]  Roger W. Hockney,et al.  P3M3DP-the three-dimensional periodic particle-particle/particle-mesh program , 1984 .

[19]  P. Lax,et al.  IX. Parabolic Equations , 1955 .

[20]  Godehard Sutmann,et al.  Classical Molecular Dynamics , 2002 .

[21]  Ullrich Rüde Mathematical and Computational Techniques for Multilevel Adaptive Methods , 1987 .

[22]  Bernhard Steffen,et al.  A particle-particle particle-multigrid method for long-range interactions in molecular simulations , 2005, Comput. Phys. Commun..

[23]  W. Hackbusch,et al.  A New Convergence Proof for the Multigrid Method Including the V-Cycle , 1983 .

[24]  A. Brandt Multi-level adaptive technique (MLAT) for fast numerical solution to boundary value problems , 1973 .

[25]  Gene H. Golub,et al.  Scientific computing: an introduction with parallel computing , 1993 .

[26]  Enrique A. González-Velasco Fourier analysis and boundary value problems , 1995 .

[27]  Stig Larsson,et al.  Partial differential equations with numerical methods , 2003, Texts in applied mathematics.

[28]  Stefano Serra,et al.  Multigrid methods for toeplitz matrices , 1991 .

[29]  Leslie Greengard,et al.  A fast algorithm for particle simulations , 1987 .

[30]  P. Bassanini,et al.  Elliptic Partial Differential Equations of Second Order , 1997 .

[31]  Raymond S. Tuminaro Multigrid algorithms on parallel processing systems , 1990 .

[32]  Tanja Füllenbach Mehrgitterverfahren für die zwei- und dreidimensionale Poissongleichung mit periodischen Randbedingungen und eine Anwendung in der Molekulardynamik , 2000, GMD research series.

[33]  N. Bakhvalov On the convergence of a relaxation method with natural constraints on the elliptic operator , 1966 .

[34]  Eugene E. Tyrtyshnikov,et al.  Circulant preconditioners with unbounded inverses , 1995 .

[35]  Andreas Frommer,et al.  Lösung linearer Gleichungssysteme auf Parallelrechnern , 1990 .

[36]  R W Hockney,et al.  Computer Simulation Using Particles , 1966 .

[37]  C. Sagui,et al.  Multigrid methods for classical molecular dynamics simulations of biomolecules , 2001 .

[38]  Michael Griebel,et al.  Numerische Simulation in der Moleküldynamik , 2004, Numerische Simulation in der Moleküldynamik.

[39]  J. W. Ruge,et al.  4. Algebraic Multigrid , 1987 .

[40]  Jan Mandel,et al.  Algebraic study of multigrid methods for symmetric, definite problems , 1988 .

[41]  R. Fischer Multigrid methods for anisotropic and indefinite structured linear systems of equations , 2006 .

[42]  Marco Donatelli,et al.  A V-cycle Multigrid for multilevel matrix algebras: proof of optimality , 2007, Numerische Mathematik.

[43]  D. Lieberman,et al.  Fourier analysis , 2004, Journal of cataract and refractive surgery.

[44]  Gustavo E Scuseria,et al.  Revisiting infinite lattice sums with the periodic fast multipole method. , 2004, The Journal of chemical physics.

[45]  Samuel Williams,et al.  The potential of the cell processor for scientific computing , 2005, CF '06.

[46]  Stefano Serra Capizzano,et al.  V-cycle Optimal Convergence for Certain (Multilevel) Structured Linear Systems , 2004, SIAM J. Matrix Anal. Appl..

[47]  R. P. Fedorenko A relaxation method for solving elliptic difference equations , 1962 .

[48]  Robert D. Falgout,et al.  hypre: A Library of High Performance Preconditioners , 2002, International Conference on Computational Science.

[49]  Graham F. Carey,et al.  A high-order compact formulation for the 3D Poisson equation , 1996 .

[50]  Stephen F. McCormick,et al.  Multigrid Methods for Variational Problems: General Theory for the V-Cycle , 1985 .

[51]  Richard H. Burkhart Asymptotic Expansion of the Free-space Green's Function for the Discrete 3-D Poisson Equation , 1997, SIAM J. Sci. Comput..

[52]  William L. Briggs,et al.  A multigrid tutorial , 1987 .

[53]  S. McCormick,et al.  The fast adaptive composite grid (FAC) method for elliptic equation , 1986 .

[54]  Edmond Chow,et al.  A Survey of Parallelization Techniques for Multigrid Solvers , 2006, Parallel Processing for Scientific Computing.

[55]  Stefano Serra Capizzano,et al.  Preliminary Remarks on Multigrid Methods for Circulant Matrices , 2000, NAA.

[56]  Robert D. Falgout,et al.  An assumed partition algorithm for determining processor inter-communication , 2006, Parallel Comput..

[57]  Robert D. Falgout,et al.  The Design and Implementation of hypre, a Library of Parallel High Performance Preconditioners , 2006 .

[58]  Robert M. Gray,et al.  Toeplitz and Circulant Matrices: A Review , 2005, Found. Trends Commun. Inf. Theory.

[59]  P. P. Ewald Die Berechnung optischer und elektrostatischer Gitterpotentiale , 1921 .

[60]  R. W. Hockney,et al.  A 10000 particle molecular dynamics model with long range forces , 1973 .

[61]  Andreas Meister,et al.  Numerik linearer Gleichungssysteme , 1999 .

[62]  George L.-T. Chiu,et al.  Overview of the Blue Gene/L system architecture , 2005, IBM J. Res. Dev..