论文信息 - Datenaustausch und Datenintegration zur Modellierung und Analyse metabolischer Netzwerke am Beispiel von Kulturpflanzen

Datenaustausch und Datenintegration zur Modellierung und Analyse metabolischer Netzwerke am Beispiel von Kulturpflanzen

Die Rekonstruktion und Analyse detaillierter Stoffwechselmodelle bildet eine wichtige Grundlage für das Verständnis komplexer biologischer Prozesse in Organismen. Um dieses Ziel zu erreichen, wurde eine Pipeline etabliert, die Software-Werkzeuge miteinander verbindet um (1) metabolische Netzwerkdaten zu speichern und metabolische Modelle zu rekonstruieren, (2) stöchiometrische und kinetische Modelle zu simulieren und zu analysieren und (3) die von den Modellen generierten Daten zu visualisieren. Zum Datenaustausch zwischen den Software-Werkzeugen kommt SBML zum Einsatz.

[1] Uwe Scholz,et al. Meta-All: a system for managing metabolic pathway information , 2006, BMC Bioinformatics.

[2] Uwe Scholz,et al. MetaCrop: a detailed database of crop plant metabolism , 2007, Nucleic Acids Res..

[3] Mudita Singhal,et al. COPASI - a COmplex PAthway SImulator , 2006, Bioinform..

[4] Falk Schreiber,et al. VANTED: A system for advanced data analysis and visualization in the context of biological networks , 2006, BMC Bioinformatics.

[5] Hiroaki Kitano,et al. The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models , 2003, Bioinform..