Oaxaca es el estado de México con mayor riqueza de especies de herpetozoarios, pero también es uno de los diez estados con mayor tasa de deforestación del país. Por lo tanto, contar con listas actualizadas de las especies de herpetozoarios que se distribuyen en una región y las amenazas que enfrentan, son la base para establecer buenas políticas de conservación para estas especies. La herpetofauna de Santiago Clavellinas y Zaachila, Oaxaca, ha sido estudiada parcialmente y no existe un inventario actualizado de las especies que se distribuyen en esta región, la cual está ubicada entre las subprovincias fisiográficas de los Valles Centrales de Oaxaca y las Montañas y Valles del Occidente de Oaxaca. El listado de la herpetofauna lo integramos con registros obtenidos durante 15 años de trabajo de campo, y fue complementado con información recuperada de plataformas digitales. En total registramos 70 especies de herpetozoarios, 14 de anfibios y 56 de reptiles. Dieciséis especies representan nuevos registros de distribución para los Valles Centrales y seis lo son para las Montañas y Valles del Occidente. El 61.7% de las especies nativas son endémicas de México, de las cuales el 11.7% son endémicas de Oaxaca. El 39.7% de las especies nativas están clasificadas bajo alguna categoría de riesgo de acuerdo con la NOM-059-SEMARNAT-2010 y la lista roja de la IUCN. El bosque de pino-encino con 46 especies, el bosque de encino con 42 y el pastizal de tierras bajas con 36, fueron los hábitat con mayor riqueza específica. Las principales amenazas identificadas para la herpetofauna fue el incremento de la urbanización en los Valles Centrales, mientras que la deforestación y carencia de programas de gestión forestal sustentable lo fue para las Montañas y Valles del Occidente de Oaxaca.