PBS software: maps, spatial analysis, and other utilities

Schnute, J.T., N.M. Boers, and R. Haigh. 2003. PBS software: maps, spatial analysis, and other utilities. Can. Tech. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2496: viii + 82 p. This report describes software written to facilitate the compilation and analysis of fishery data, particularly data referenced by spatial coordinates. Our research stems from experiences with information on Canada’s Pacific groundfish fisheries compiled at the Pacific Biological Station (PBS). Despite its origins in fishery data analysis, our software has broad applicability. The library PBS Mapping extends the languages R and S-PLUS to include two-dimensional plotting features similar to those commonly available in a Geographic Information System (GIS). Embedded C code speeds algorithms from computational geometry, such as finding polygons that contain specified point events or converting between longitude-latitude and Universal Transverse Mercator (UTM) coordinates. We also present a number of convenient utilities for the Microsoft Windows operating systems, including commands that support computational geometry outside the framework of R or S-PLUS. Tools to construct most of our software come freely from the Internet, as documented here in a guide to the packages available. Furthermore, we provide quick tutorials that address key technical issues relevant to our work, such as embedding C code into an R package and writing documentation that meets the R standard. Our results, which depend significantly on the work of students, illustrate the convergence of goals between academic training and applied research. RESUME Schnute, J.T., N.M. Boers, and R. Haigh. 2003. PBS software: maps, spatial analysis, and other utilities. Can. Tech. Rep. Fish. Aquat. Sci. 2496: viii + 82 p. Ce rapport presente un logiciel concu pour faciliter la compilation et l’analyse de donnees sur la peche, particulierement de donnees georeferencees. Notre recherche decoule de notre experience de la compilation de donnees sur la peche du poisson de fond dans le Pacifique a la Station biologique du Pacifique (SBP). Bien qu’il ait ete concu pour analyser des donnees sur la peche, notre logiciel est d’application tres generale. La cartotheque logicielle PBS Mapping permet de developper les langages R et S-PLUS afin qu’ils comprennent des capacites de tracage bidimensionnel semblables a celles disponibles couramment dans un systeme d’information geographique (SIG). Le langage C permet d’accelerer les algorithmes geometriques, comme ceux qui permettent de rechercher des polygones comportant des evenements ponctuels precis ou de convertir des coordonnees geographiques en coordonnees de Mercator transverse universelle. Nous presentons egalement un certain nombre d’applications pratiques pour les systemes d’exploitation Windows de Microsoft, y compris des commandes de geometrie algorithmique a l’exterieur du cadre des langages R et S-PLUS. Les outils utilises pour mettre au point la plupart de nos logiciels sont disponibles gratuitement sur Internet, tel que souligne dans un guide des progiciels disponibles presente dans ce document. De plus, nous offrons de courts didacticiels qui traitent des principales questions techniques liees a notre travail, comme l’integration de code C dans un progiciel en langage R et la redaction de documents qui satisfont a la norme du langage R. Nos resultats, qui dependent grandement du travail d’etudiants, illustrent la convergence des objectifs de la formation academique et de la recherche appliquee.