Effective biclustering on GPU - capabilities and constraints

This article presents the benefits and limitations related to designing a parallel biclustering algorithm on a GPU. A definition of biclustering is provided together with a brief description of the GPU architecture. We then review algorithm strategy patterns, which are helpful in providing efficient implementations on GPU. Finally, we highlight programming aspects of implementing biclustering algorithms in CUDA/OpenCL programming language. Streszczenie. W artykule przedstawiono korzy´ sci i ograniczenia zwi ˛ azane z projektowaniem rownoleglego algorytmu biklasteryzacji, przeznaczonego na GPU. Zaprezentowano definicj ˛ e biklasteryzacji oraz skrotowo opisano architektur ˛ e GPU. Zestawiono popularne wzorce strategii implementacji algorytmow, przydatne w projektowaniu efektywnych rozwi ˛ aza ´ n na GPU. Publikacja zawiera takpraktyczne wskazowki programistyczne, w kon- tek´ scie implementacji algorytmow biklasteryzacji w j ˛ ezyku CUDA/OpenCL. (Efektywna biklasteryzacja z wykorzystaniem GPU - mozliwo ´ sci i ograniczenia)